La batalla conta Pain

NARUTO VS PAIN

A su regreso a Konoha, Naruto se enteró de que Jiraiya había muerto en su batalla con el líder de Akatsuki, Pain. Naruto culpó a Tsunade de haberlo mandado directo a su muerte. Pasó el resto del día de luto por la pérdida de su maestro, meditando sobre el hecho de que él había querido que Jiraiya estuviera allí cuando el se convirtiera en Hokage mientras recordaba los mejores momentos que pasó a su lado (como cuando aprendió el Rasengan por primera vez). Después de ser consolado por Iruka y reanimado por Shikamaru tras ver a Kurenai embarazada y escuchar los planes de Shikamaru para con el bebé, Naruto recupera los ánimos y ayuda a descifrar el mensaje de Jiraiya con ayuda de Shikamaru. Cuando el código se descifró, Naruto decidió ir a entrenar con los sapos para aprender el Senjutsu, sabiendo que Pain iba a venir por él. Para obtener el Senjutsu, Naruto entrenó para entrar en armonía con la naturaleza, un proceso que se aceleró con una cantidad limitada de clones de sombra. Alcanzado un perfecto modo Sannin, algo que Jiraiya nunca fue capáz de hacer (como prueba, algunas partes de su cuerpo se iban transformando en las partes de un sapo). Debido a la armonización con la naturaleza no se puede hacer en medio de la batalla, Fukasaku trató de fusionarse con Naruto para poder reunir la energía natural para el uso de Naruto. Pero el Kyubi rechazó todos los intentos de Fukasaku, Naruto se vió obligado a buscar una alternativa: el uso de clones de sombra en un intento desesperado por aprender cómo obtener la energía natural mientras se mueve. Tras recibir la noticia del ataque de Pain en Konoha, no tardaron en llegar, y empezó la Batalla.
Naruto, Fukasaku, Gamabunta, Gamahiro y Gamaken son invocados en el centro de la Aldea de la Hoja. Naruto, al darse cuenta de que Pain había destruido toda la aldea, enfurecido logra destrozar por completo al Camino Asura, quien estaba a apunto de atacar a Tsunade. Naruto le ordena a Gamakichi que lleve a Tsunade a un lugar seguro, retirándola del lugar de batalla agotada.

Naruto, gracias a su súper fuerza logra dejar inactivo al Camino Preta dándole un golpe en la mandíbula. El Camino Camino Animal invoca a un número de bestias para atacar a Naruto, pero este logra deshacerse de ellos con su gran fuerza y con dos Chō Odama Rasengan. Naruto en conversación con Pain (Deva), realiza su nuevo y mejorado jutsu; Futon: Rasen Shuriken, que con él logra destrozar al Camino Humano lanzándolo hacia él, expandiéndose cada vez más. Gamabunta encierra en su boca al Camino animal junto con Naruto, quien lo destroza con un Rasenrengan.
Después de haber usado una cantidad considerable de técnicas dejándolo sin chakra, Naruto sale del Modo Ermitaño, y Fukasaku se ve en la necesidad de invocar a los clones de sombra que estaban recolectando chakra natural en Myōbokuzan. Naruto, logra desaparecer un clon de sombra para revitalizarse, pudiendo una vez más transformarse en Modo Ermitaño.
Una vez más en el Senjutsu, Naruto vuelve a realizar su Futon: Rasen Shuriken, y lo lanzó al Camino Deva, pero es interceptado por el Camino Preta, quien se supone que y estaba muerto, pero logró absorber el Rasen Shuriken de Naruto en su estado. Naruto, una vez más realiza el Futon: Rasen Shuriken, el Camino Preta esta dispuesto a absorberlo, pero Naruto lo arroja al suelo, así yendo el ataque directo al Camino Deva, pero este mismo lo absorbe, no obstante, Naruto aparece detrás del Camino Naraka, y lo ataca con un Rasenrengan dejándolo inactivo, quedando sólo dos Pain.
A pesar de haber derrotado a cuatro cuerpos de Pain, Naruto es capturado por Deva con un Banshō Tenin e inmovilizado por Preta. para asegurarse de que Naruto no haga un movimiento en falso, le absorbe el chakra, pero por haber absorbido demasiado, este se convierte en sapo, petrificándose así mismo dándole la oportunidad a Naruto de escapar. el camino Deva, al ver que Naruto logró zafarse, atrae a Fukasaku y lo traspasa con su arma matándolo, una vez más con un Banshō Tenin, logra someter a Naruto contra el piso, y lo inmoviliza perforándolo con el suelo. Pain le comenta a Naruto sobre su plan para traer la paz devuelta al mundo, pero Naruto le contesta diciendo que no es más que una mentira de paz.

Hinata acudió a salvar a Naruto, y en ese instante le confiesa su amor, pero en un intento de atacar a Pain, este la ataca, dejándola supuestamente muerta. Cuando Naruto la ve muerta, explota de ira y libera 6 colas del Kyubi. Naruto rompe el collar del Shodaime, y Pain usa el Shinra Tensei sobre él, pero Naruto lo revierte y Pain es lanzado con gran fuerza. Después, Naruto reúne una gran cantidad de chakra y la lanza contra Pain, dejándolo débil y viéndose en la necesidad de alejarse de la aldea. Ya alejados de la aldea, Pain realiza el Chibaku Tensei, y logra atrapar a Naruto en una gran esfera de materia, pero aun así no logra detenerlo ya que Naruto sale de ahí con ocho colas liberadas. En un intento de liberar las nueve colas, Naruto es detenido por Minato Namikaze, quien aparece de repente en su subconsciente.

Minato reveló que el sello estaba preparado para que cuando las 9 colas estuvieran a punto de ser liberadas, él pudiera aparecer en el subconsciente de Naruto para detenerlo. Más tarde, Minato le confiesa que el es su padre, Naruto lo golpea y le grita porque selló al Kyubi en su propio hijo, a lo cual Minato le responde porque él sabía que algún día Naruto emplearía dicho poder para enfrentarse contra Madara Uchiha. Minato comentó que hace 16 años en el ataque del Kyubi, un hombre controlaba cada movimiento del Bijuu y que dicho shinobi pertenecía a Akatsuki y llevaba una máscara, Naruto rápidamente supo que se trataba de Tobi. También hablaron sobre el concepto de paz, Minato comentó que el odio dió lugar a Pain, un ninja que busca desesperadamente la paz en el mundo, y que solo Naruto podía traer la paz devuelta al mundo. Minato respondió que creía en Naruto y que él podía encontrar la respuesta, y restauró el sello, antes de desaparecer.

Al haber salido del Chibaku Tensei, Naruto pierde la transformación del Kyubi y regresa al Modo Ermitaño. Cuando Naruto logra vencer al Camino Deva, va en busca de Nagato. Al encontrarlo, Naruto admite que odia a Nagato, pero se contiene para preguntar como un aprendiz de Jiraiya fue a convertirse en lo que es ahora. Después de escuchar el pasado de Nagato y sus razones para desear la guerra, Naruto acordó sobre algunos puntos, pero rechazó la conclusión general sobre la base de que diferían los ideales de Jiraiya. Para romper el ciclo, le dice a Nagato y Konan que a pesar de odiarlos, no los mataría.
Sorprendido por la determinación de Naruto para su respuesta, Nagato le dice que creerá en él y que dejará todos sus sueños en él. Nagato realiza su Rinne Tensei y revive a todos los aldeanos de Konoha a costa de la suya. Naruto, ayuda a Konan a encontrar los cuerpos de Pain y Yahiko, para enterrarlos en la Aldea Oculta de la Lluvia. Konan, al afirmar que dejaría Akatsuki, le regala un ramo de rosas a Naruto, simbolizando su alianza.